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李益洲
职称与职务
副教授
专      业
分析化学
电      话
18280076686
E-Mail
简  历
2001.7- 2005.7
四川大学化学学院
学士
2005.7- 2011.7
四川大学化学学院
分析化学博士
2011.7-至今
四川大学化学学院
讲师/副教授
2013.9-2014.8
杰克逊实验室(基因组医学实验室)
博士后
2014.9-2015.4
加州大学圣地亚哥分校
访问学者

主要研究方向
  毕业于四川大学化学学院,曾赴美国杰克逊实验室从事博士后研究,随后到加州大学圣地亚哥分校进行访学。目前作为负责人承担了自然科学基金2项,另外作为主研人员参与了多项自然科学基金项目的研究工作。申请人多年来致力于交叉学科研究,尝试用计算机、数学方法研究化学和生物问题,相关工作曾获教育部自然科学二等奖。
  基于新一代测序数据的基因调控机理研究 个体之间的差异通常导致其对药物的药效/抗药性具有不同的反应,对个体基因组的研究有助于了解这些差异的分子机制。我们对糖尿病人组织样本的测序数据进行基因表达分析,筛选差异表达基因,通过富集分析对致病机理,以及个体对药物反应差异的分子机制进行研究;通过表观基因组数据,Hi-C和RNA-Seq数据的整合分析对基因调控机理进行研究。

  生物大分子的结构与功能研究 生物大分子如RNA和蛋白质的功能与其结构密切相关。针对两类分子开展的研究包括:生物分子结构建模,功能位点识别,分子相互作用(RNA与蛋白质,蛋白质与蛋白质,小分子配体与蛋白质)建模,药物与靶标相互作用建模。通过对这些分子结构与功能的研究我们进一步对药物靶标的筛选,小分子药物的虚拟筛选开展相应的研究。
主要工作业绩

项目情况:

国家自然科学基金
基于多调控因子的细胞/组织特异性基因调控机理研究
64万
2018.1-2021.12
21775107
负责
国家自然科学基金青年基金
基于系统生物学与定量构效关系的药物副作用研究
25万
2014.1-2016.12
21305096
负责(已完成)
国家自然科学基金
基于化学计量学方法的生物组学数据整合分析
65万
2017.1-2020.12
21675114
主研(在研)
国家自然科学基金
关于化学与生物信息学的网络分布式计算共享平台研究
85万
2014.1-2017.12
21375090
主研(在研)
国家自然科学基金
食品中抗生素类药物残留评估的化学与生物信息学方法探索
60万
2012.1-2015.12
21175095
主研(已完成)
国家自然科学基金
基于抗癌药物及其靶标蛋白相互作用的层次网络研究
35万
2010.1-2012.12
20972103
主研(已完成)
代表性成果 (获奖成果、专著、论文、专利)
1.Yiming Wu,Runyu Jing,Yongcheng Dong, Qifan Kuang,Yan Li,Ziyan Huang,Wei Gan,Yue Xue, Yizhou Li* and Menglong Li*. Functional annotation of sixty-five type-2 diabetes risk SNPs and its application in risk prediction.Scientific Reports,2017,7.
2. Yizhou Li*,Yi Yang* and Menglong Li *. Expression dynamics and relations with nearby genes of rat transposable elements across 11 organs, 4 developmental stages and both sexes. BMC Genomics,2017, 18:666.
                                   TE亚家族在不同器官/年龄的表达分布分析
3.Yan Li,Yongcheng Dong, ,Ziyan Huang, Qifan Kuang, Yiming Wu,  Yizhou Li* and Menglong Li*. Computational identifying and characterizing circular RNAs and their associated genes in hepatocellular carcinoma.Plos One,12(3),e0174436.
                                  CircRNA在hepatocellular carcinoma中的表达分析
4.  Qifan Kuang  ,  Yizhou Li  *,  Yiming Wu Rong Li Yongcheng Dong Yan Li Qing Xiong Ziyan Huang Menglong Li A kernel matrix dimension reduction method for predicting drug-target interaction. Chemometrics and Intelligent Laboratory System,2017,162:104-110
5.Yiming Wu,Qifan Kuang,Yongcheng Dong,Ziyan Huang,Yan Li, Yizhou Li* and Menglong Li*. Predicting pathogenic single nucleotide variants through a comprehensive analysis on multiple level features.Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems,2016,156:224-230.
6. Kuang Q, Xu X, Li R, Dong Y, Li Y, Huang Z,  Li Y, Li M*. An eigenvalue transformation technique for predicting drug-target interaction.  Scientific Reports, 2015, 5:13867~13867.
7. Dong Y, Kuang Q, Dai X, Li R, Wu Y, Leng W,  Li Y, Li M:  Improving the Understanding of Pathogenesis of Human Papillomavirus 16 via Mapping Protein-Protein Interaction Network.Biomed Research International,2015.
8. Kuang Q, Wang M, Li R, Dong Y,  Li Y, Li M *.  Investigation of Computation Models for Predicting Adverse Drug Reactions (ADRs)Plos One, 2014. 9(9).
9.  Ling Ye  ,  Qifan Kuang  ,  Lin Jiang  ,  Jiesi Luo  ,  Yanping Jiang  ,  Zhanling Ding  ,  Yizhou Li * MenglongLi  *:  Prediction of hot spots residues in protein–protein interface using network feature and microenvironment feature.Chemometrics & Intelligent Laboratory Systems2014,  131:16-21.
10. Wu Y, Jing R,  Li Y*, Li M*.  Combination use of protein-protein interaction network topological features improves the predictive scores of deleterious non-synonymous single-nucleotide polymorphismsAmino Acids,46:2025-2035,2014
11. Jiang Y,  Li Y*, Kuang Q, Ye L, Wu Y, Yang L, Li M:  Predicting putative adverse drug reaction related proteins based on network topological properties.Analytical Methods 2014,  6:2692-2698.
12. Lin J, Kuang Q, Li Y, Zhang Y, Sun J, Ding Z, Li M:  Prediction of adverse drug reactions by a network based external link prediction method.Analytical Methods 2013,  5:6120-6127.
 

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